Onderstaand organogram geeft de organisatiestructuur van de Rekenkamer weer. Momenteel zijn er tweeëntwintig personen werkzaam.

Algemene Zaken ressorteert direct onder de Secretaris.
De sectorleiders en de juridisch adviseur/Human Resource manager vormen samen met de secretaris het managementteam. Dit team is verantwoordelijk voor de kwaliteit van het personeel, van de organisatie en van de onderzoeken.